В эпоху масштабной стройки в столице в середине ХХ века возникла необходимость в организации, которая могла бы выполнять комплексное проектирование инженерных сооружений и городских коммуникаций. Так, 28 октября 1958 года решением исполкома Моссовета был создан Институт по изысканиям и проектированию инженерных сооружений «Мосинжпроект». Новую организацию образовали подразделения Главмосстроя — институты «Мосподземпроект» и «Дормостпроект».
Вначале «Мосинжпроект» занимался проектами подземного строительства. Это были инженерные коммуникации: тепло-, электро- и газопроводы, канализационные сети. Так, в 1960-е годы в институте разрабатывали проекты сетей дождевой канализации. В соответствии с предложенными решениями были построены коллекторы рек Таракановки, Копытовки, Жабенки, Фильки, Хапиловки, Рыбинки, Сосенки, Чуры, Раменки, Нищенки, Коломенского и Ермаковского ручьев. Во второй половине десятилетия «Мосинжпроект» работал над новой Генеральной схемой коллекторов водосточной сети Москвы, проектировал сети водоотведения столичных районов, включая Юго-Западный, Фили-Мазилово (сейчас — Фили-Давыдково), Черёмушки, Измайлово, Мнёвники, Коптево. За первые 10 лет работы предприятия общая протяженность сети дождевой канализации в Москве выросла с 900 до 1500 километров.